《我的奇妙男友2》主演阵容虽然大换血，但故事依然围绕薛灵乔和田净植展开。续集中，薛灵乔终于不再孤单了，出现了更多和他一样的基因变种人。蝙蝠一手成立的“S组织”似乎在暗中酝酿什么阴谋，他应该是薛灵乔最大的敌人了。
这个世界上并不只有薛灵乔一个基因突变人，这类人群的外表和普通人类无异，却拥有异于常人的巨大力量。不老不死，自愈伤痕是所有基因突变人共同的标签，这个大范围下，每个基因变种人都进化出了各自不同的能力。
薛灵乔活了五百年，第一次通过云臻知道了“S组织”的存在。据云臻所说，“S组织”由蝙蝠一手成立，宗旨是为同类提供帮助。他们在世界各地招募基因突变人加入，具体做什么的他就不得而知了。
蝙蝠和薛灵乔不同，他的进化在大脑，他有超群的智商，可以通过发生的不寻常事件推算出未知基因突变人的位置，这项能力有点类似X教授。
蝙蝠的身份虽然神秘，却并不难猜，有一个人最可疑，他就是秋月白。秋月白是秋国霖在雪山发现的基因突变人，他给了秋月白养子身份，让秋月白可以光明正大在人类世界生活。
秋月白是田净植舅舅，表面身份是圣天娱乐公司的老板，看起来他是一个知恩图报，且极具绅士风范的好男人，可他实在太无懈可击，越是完美反而越让人生疑。
历史上从来没有出现过基因突变人可以繁衍子嗣的事情，而田净植和薛灵乔打破了这个未知，所以田净植身边聚集了很多心怀不轨之人。
秋月白签约田净植，乍一看是舅舅想捧她，合情又合理。换个角度想却让人细思极恐，秋月白之前久居国外，偏偏在田净植怀孕期间回国，之后收购经纪公司，签约田净植，这一系列的操作时机太敏感，很有刻意接近的意思。
目前，知道基因突变人存在的普通人类并不多，基因突变人虽然也是人，到底和普通人是有差别的，他们这个种族和人类很难和平共存。
