首先，整部电影的大明线大主题是机器和人类，所有剧情都是这么来的，谁都看得出来，但是暗线就是总觉得哪里不对劲的地方，就在说锡安是虚拟的，现实世界超能力，还有第二部里提前梦见Smith掉下楼的先知能力，都不说了，然后Neo失明以后看到的机器城市，金色代码，赤裸裸的暗示和母体的绿色代码相对比，导演这样的表现手法这还不明显吗？其次，在黑客帝国里，反复强调选择的重要；
Neo最后做出了选择，即使在战斗上真的打不赢Smith，也不重要了。
根据选择，Matrix完成升级，并认为目前暂时不需要Zion、Neo、Smith这套对抗机制了，所以给了Zion自由，安葬了Neo，删除了Smith。这次Matrix的升级内容：人有权利选择虚拟世界还是Zion。；所谓的革命成功，可能只是站在Zion人的角度，其实始终没有逃离虚拟世界。Neo主体部分肯定是人类，剧中多次强调过这一点，法国人，设计师和先知好像都强调过他是人类。但Neo在第一集死去的时候好像加入了代码或者是管理员权限，所以应该是个复合体，半人半机器。
他和史密斯都有无线接入矩阵的能力，但好像无线状态只能实现部分功能。
锡安100%是现实，否则大部分地方都说不通了。Neo发动超能力打击时从画面上看是很像是受到了外部作用力的效果，感觉不是通过修改章鱼的代码能够实现的而更像是Neo在母体里面的效果。Neo不光是人，TheOne还有机器属性，所以他的使命是回到Source提交他在人类世界生存活动中搜集到的情感数据让Matrix系统升级，不过Neo拒绝了。
另外，这部电影就是以debug为目的的一次又一次轮回，而我们看到的这一次因为先知的介入，打破了之前的轮回。在第二部的结尾，男主见到了建筑师，建筑师说，Matrix初代很完美，但是最终崩塌了。其实原因就是因为AI不能理解人类的许多选择，比如爱情。这其实透露了重要的信息，因为AI无法完全理解人类，使得建筑师构筑Matrix的方程无法成立，继而使得会有人发现自己处在虚拟世界而想逃出Matrix。这也就说明了，AI目前为止没有能力构筑出一个持续运行，且能完全骗过所有人大脑的虚拟世界。
最后，片中Neo为什么能引爆乌贼？
不是他有超能力，而是他无线连接Matrix，通过Source向乌贼发出自爆的指令。第一集里三个Agent到Neo救出Mophis后降落的楼顶，两个Agent对话，一个说找到他们了，另一个说发动攻击。这里可以看出Agent就有控制乌贼行动的权限，更不要说权限高于Agent的Neo了。
