电影故事以著名歌手万文芳遇刺案为引，当时在场的18岁男孩吉米托马斯被列为了此案的犯罪嫌疑人遭到逮捕起诉，吴镇宇饰演的检察官吴正为与周迅饰演的北京辩方律师端木兰，两人在法庭上就此案进行了唇枪舌战的控辩，电影借此拉开了一个带有悬疑色彩的亲情悲剧，而暗藏其中关于万文芳、吉米托马斯、吴正为与端木兰的三条线索，则是电影预以用非线性叙事去构建故事悬疑，营造戏剧张力的所在。
作为一部涉及律政题材的作品，《保持沉默》一个非常明显的问题就是电影将所谓的律政题材沦为了噱头，这部电影的核心其实并不在对法律问题的思考上，庭审看似辩的激烈，但它的作用其实只是故事展开的一个铺垫，过重的舞台感，以及张力的缺乏，都使电影虽然能在第一时间抓人眼球，但其剧情却无力转化为对法律本身的深思，而吴正为与端木兰是旧情人的设定，他们的情感与剧情发展是近乎无关的的，即便将两人的爱恨情仇全部剔除也并不会影响主线发展。
更为让人遗憾的是，不论是吴镇宇还是周迅，二人的演技虽然都不差，但正因两人戏份与主线反转的脱轨，使他们的法庭戏也好，爱情戏也罢，甚至是周迅在电影中一人分演两角的呈现，其实都很难被称为电影的高光时刻。为了反转而反转，信马由缰的做法，当结局最终揭晓，电影让人感叹的不是如此收尾有多么缜密惊艳，相反其割裂的结局使前篇关乎密室杀人的铺垫，以及周迅与吴镇宇的法庭控辩之争都失去了存在的价值。
为什么这么说？从《保持沉默》的主线剧情来看，电影真正的主人公应该是吉米托马斯，他是案件的引子，是剧情走向的关键，也是结局的谜底，但就是这样一个至关重要，苛求演员要演出丰富内心层次的角色，却无论从选角还是情感铺垫来看都是失败的，电影只是简单的把他当作了一个剧情发展的助推器，最后精神问题的个例性收尾，使电影既没有法律的深度，没有人物的深度，也没有能赋予本自沉痛的母子悲剧以足够的社会思考。
《保持沉默》不是一部没有想法的电影，电影的问题恰恰是想的太多，又匮乏有效的节奏掌控，最终才导致其什么都没有做好。虎头蛇尾的悬疑，浅尝即止的情感，终使电影将沉默保持到了最后一刻，让人所能发出的只是一声平淡的“原来如此”。
