《长安十二时辰》的故事剧情中，有3个卧底，他们就卧底技术而看，是一个比一个精湛，而只有不良人的卧底小乙，真正是为了保护大唐荣耀，其他的两个人则是充满了个人私欲，但是令人惋惜的是，只有小乙，死在了自己人手中。
卧底陆三
靖安司通传武侯陆三，是龙波安排的一名卧底。他在靖安司任职，能够接触从望楼传过来的第一手的资料，而这些资料则是被他成功的传给了龙波，在他的卧底身份被徐宾识破后，他对徐宾下了杀手，差点要了徐宾的命。此后，陆三就离开靖安司，回到龙波身边，此后再也未讲到陆三的信息。
卧底姚汝能
姚汝能这个卧底，则是很多观众没有想得到的，因为他不仅是名相姚崇的玄孙，而是自幼就随太子伴读，和靖安司司主李必关系也很好，太子和李必从来都没有怀疑过姚汝能，太子即使在景龙观密会朝臣，也没有避讳姚汝能。谁知，姚汝能竟然是右相安排在太子身边的一个卧底，姚汝能则是一早都把有关太子的所有的罪证传回右相那里，就能上元灯节这天，奏报圣人治太子的罪。而姚汝能之所以能够成为林九郎的密探，因为林九郎许诺，把他雪耻，洗刷其父被斩于西市街口的冤屈。
卧底小乙
长安城不良人的卧底小乙，则是剧中唯一一名为了保卫长安城的卧底，他受命于不良帅张小敬的委托，卧底长安葛老的地下城，秘密搜捕葛老的罪证，期待一举把这座地下长安城给摧毁，还长安城一个公道。小乙的卧底是非常成功的，他还被葛老收为义子，在地下长安城享有非常高的地位，可是最终张小敬因为追查龙波的下落，不得已把小乙招出来，张小敬迫于葛老的压力，不得不亲手杀了小乙，否则卧底小乙最后走到哪一步，真的不好说，也有可能等葛老死去，卧底小乙成为地下长安城的主人。
剧中这3个卧底，在没有东窗事发事前，伪装技术都是成功的，而姚汝能和小乙，若非他们主动站出来，所有人都不能怀疑到他们身上，这也是一种本事，姚汝能为了私欲，小乙为了大唐，可惜死在了自己人手中，但他们的品质高低，立下即判。
